يتكون المسجد الأقصى من عدة أبنية، ويحتوي على عدة معالم يصل عددها إلى 200 معلم، منها مساجد وقباب وأروقة ومحاريب ومنابر ومآذن وآبار، وغيرها من المعالم.

ويشمل المسجد الأقصى كلا من قبة الصخرة المشرفة (القبة الذهبية) الموجودة في موقع القلب منه، والجامع القِبْلِي (ذي القبة الرصاصية) الواقع أقصى جنوبه ناحية القِبلة.

يضم الجامع القبلي 7 أروقة (رواق أوسط وثلاثة أروقة من جهة الشرق وثلاثة من جهة الغرب) وترتفع هذه الأروقة على 53 عموداً من الرخام و49 سارية من الحجارة.

يوجد في ساحة الأقصى الشريف 25 بئراً للمياه العذبة، 8 منها في صحن الصخرة المشرفة و17 في الساحات السفلى، كما توجد مواقع للوضوء.

وأما أسبلة شرب المياه فأهمها سبيل قايتباي المسقف بقبة حجرية رائعة لفتت أنظار الرحالة العرب والأجانب الذين زاروا المسجد، إلى جانب سبيل البديري وسبيل قاسم باشا.

كما توجد عدة مصاطب يصل عددها إلى أربعين، ترتفع عن الأرض بدرجة أو درجتين، وتستخدم للجلوس والصلاة وتدريس العلم الشرعي (الحديث الشريف والسيرة النبوية والتفسير والثقافة الإسلامية والفقه بالإضافة اللغة العربية والرسم)، وتستوعب كل الأعمار وكلا الجنسين، ويبلغ عددها 35 مصطبة، بني بعضها في العصر المملوكي، ومعظمها في العصر العثماني.