يحظى الأقمر في منطقة "القاهرة الفاطمية" بمكانة رفيعة وشخصية فريدة، حيث يصنفه كثيرون باعتباره "الأجمل" بين جميع مساجد مصر التاريخية، كما أنه أصغرها حجمًا، ويمتلك أقدم واجهة حجرية في هذا السياق.

وتم تشييد الجامع منذ 9 قرون وتحديدًا عام 1125 ميلاديًا على يد الوزير المأمون بن البطايحي بتكليف مباشر من الخليفة أبي علي المنصور الملقب بـ "الآمر بأحكام الله"، فيما يستمد المبنى اسمه من لون حجارته البيضاء المشربة بصفرة خفيفة على نحو يجعلها شبيهة بالقمر.

ويأتي الاسم كذلك في سياق تقليد فاطمي قديم كان يطلق أسماء المساجد على وزن صيغة التفضيل "الأفعل" مثل الجامع "الأزهر" الذي يشير إلى اسم السيدة "فاطمة الزهراء" والمسجد "الأنور"، أي الأكثر نورًا، و"الأفخر" بمعنى الأكثر مدعاة إلى الفخر والذي بناه الخليفة الفاطمي الظافر بأمر الله.

وتتكون واجهته من 7 شموس ذات تكوين بديع، وتميزه من الداخل الكتابات الكوفية والزخارف والنقوش المتفردة من حيث رقة الرسم وجمال الخطوط والألوان، وتقوم أعمدته الرخامية المزينة بتيجان بديعة على قواعد مصبوبة.

ويتكون الجامع من صحن صغير لا تزيد مساحته على 10 أمتار مربعة، وجاء تصميمه الكلي على هيئة مستطيل منتظم الأضلاع بمساحة بطول 28 مترًا وعرض 17.5 متر، ويعد من المساجد المعلقة حيث كانت توجد أسفله حوانيت وحوض مياه تشرب منه الدواب.

واللافت أنه عند تشييد المتحف القبطي في القرن العشرين، تم تصميم واجهته على غرار واجهة الجامع الأقمر، مع وضع العبارات المسيحية والصلبان بدلًا من النقوش الإسلامية.

وتوقفت صلاة الجمعة في المسجد بعد انتهاء حكم الفاطميين، لكن حكام مصر من المماليك أعادوا إليه رونقه وقاموا بتجديده لاحقًا، وهو ما تكرر في عام 2022 حيث خضع لعملية ترميم شاملة تليق بمكانته كأحد الآثار المسجلة على قائمة منظمة "اليونسكو" للتراث العالمي.