يحدث التهاب القولون التقرحي عندما لا يعمل جهاز المناعة في الجسم بشكل صحيح، ويسبب التهابًا في البطانة الداخلية للقولون، فيؤدي التهيج والتورم بدوره إلى تقرحات وفتح تقرحات في البطانة.

يحميك جهاز المناعة لديك من العدوى والأمراض والأشياء التي لا تنتمي إلى جسمك، ولكن في أمراض المناعة الذاتية مثل التهاب القولون التقرحي ، فإنه يهاجم جسدك عن طريق الخطأ.

يرسل خلايا الدم البيضاء التي تهاجم بطانة الأمعاء، هذا يؤدي إلى التهاب مستمر، لا أحد يعرف بالضبط ما الذي يسبب التهاب القولون التقرحي، لكن الخبراء يعتقدون أن أحد الأشياء الثلاثة قد يؤدي إلى ذلك، بحسب ما نشره موقع WebMD. 

الجينات أحيانا تلعب الجينات الدور الأكبر فى التهاب القولون التقرحي.

الجهاز المناعي ربما تسببت العدوى في تحفيز جهاز المناعة لدي بعض الأشخاص، يؤدي إلى التهاب القولون الذي يسبب أعراض التهاب القولون التقرحي.

البيئة قد تزيد الجرثومة، مثل الفيروس الموجود في بيئة الشخص، من فرص  الإصابة بالتهاب القولون التقرحي.

إذا كان الشخص يستخدم العقاقير غير الستيرويدية المضادة للالتهابات أو المضادات الحيوية أو حبوب منع الحمل، فقد تزداد آلام القولون، من الممكن أن يكون النظام الغذائي عالي الدهون مرتبطًا به أيضًا.

يمكن أن ترتبط بعض الأشياء الأخرى بآلام القولون أبرزها: 

ضغط عصبي الاضطراب العاطفي بعض أنواع الطعام